Por volta de 1917, ocorreu, em um território que hoje corresponde ao município de “Rafael Fernandes”, a chegada da tradicional Família Oliveira. Ao ser habitado, o lugar foi logo denominado de “Varzinha”, devido à vegetação, tendo como base econômica a agropecuária.

Com o passar dos tempos o pequeno povoado foi cultivando a religião como ícone fundamental à fundação de uma cidade. Em 1942, teve início a construção de uma capela, organizada pelos moradores do próprio povoado, cujo material era transportado em carros de boi e o sino foi trazido de Mossoró. A capela foi finalmente concluída em 1943, tendo como padroeira Lúcia de Siracusa, conhecida pela forma “Santa Luzia“, padroeira da diocese à qual a capela pertence.

A primeira missa ocorrida nessa capela aconteceu em 7 de fevereiro de 1944, e foi celebrada pelo Monsenhor Manoel Caminha Freire de Andrade, que na época era vigário da paróquia de Pau dos Ferros. Em 21 de dezembro de 1953, o povoado de Varzinha foi elevado à categoria de distrito, sendo, quase dez anos depois (21 de outubro de 1963), por força da lei estadual nº 2964, desmembrado do município de Pau dos Ferros, tornando-se novo município do Rio Grande do Norte, com o nome de “Rafael Fernandes” e oficialmente instalado em 7 de fevereiro de 1965. O nome do município faz referência ao pauferrense Rafael Fernandes Gurjão, considerado como personagem ilustre no que diz respeito ao desenvolvimento da região e que exerceu as profissões de interventor federal, governador do estado do Rio Grande do Norte, deputado estadual, médico e industrial